O co jde? 🤔

V tomto blogovém článku vám ukážeme příklad, jak zhodnotit ftalát (nebo jakoukoli jinou látku, o které byste možná měli vědět více!) pomocí Toxtree, abyste si to mohli vyzkoušet sami. Vše, co budete potřebovat, je PC nebo notebook a chuť naučit se něco nového! 😁 All you will need is a PC or laptop and the will to learn something new.

Více informací o ftalátech naleznete v článku o ftalátech v kosmetice.

Více informací o Toxtree & QSAR naleznete v článku na blogu o QSAR nebo ve 3. kapitole G-knihy.

Krok 1: Systém

Prvním krokem, který musíte udělat před zahájením, je stažení softwaru, který budeme používat. Vyhledejte Toxtree (nebo použijte tento odkaz 😋) a stáhněte si nejnovější verzi. Pokud používáte Windows, můžete si stáhnout Windows installer, pokud používáte Linux nebo IOS, stáhněte ZIP archive a v obou případech postupujte podle instrukcí instalátorů.

Že instalace proběhla úspěšně zjistíte tak, že se při spuštění aplikace otevře toto okno:

Krok 2: Kód SMILES

S nainstalovaným softwarem můžeme nyní přejít k hledání SMILES kódu chemické látky, kterou chceme vyhodnotit.

SMILES je zkratka pro “Simplified Molecular Input Line Entry System”, v češtině „Zjednodušený vstupní molekulární linkový vstupní systém“, což je způsob, jak zapsat molekulární vzorec sloučeniny.

Pro náš příklad budeme hledat kód SMILES dibutyl-ftalátu (DBP). Začneme tím, že zamíříme na webové stránky PubChema a napíšeme název naší sloučeniny, v tomto případě dibutyl-ftalátu, a stisknutím klávesy Enter a vybereme vhodný výsledek vyhledávání.

Objeví se celý popis sloučeniny a na straně CONTENTS menu, neboli nabídka obsahu. V nabídce CONTENTS vyhledáme výraz „Canonical SMILES“, jak je znázorněno na obrázku níže, a zkopírujeme řetězec písmen a znaků:

Step 3: Čas na analýzu

Začneme tím, že do horního vyhledávacího pole vložíme kód SMILES a stiskneme GO!

To změní látku, na kterou se díváme, a zobrazí i vhodnou 2D molekulární strukturu.

Je důležité zmínit, že před odhadem toxicity musíme vybrat vhodný decision tree, česky „rozhodovací strom“. Decision trees jsou soubory pravidel a algoritmů, které podle známých výzkumů funkčních skupin určují, zda je látka toxická či nikoli.K jednotlivým decision trees se dostaneme kliknutím na ikonu „Method“ v horní liště a vybráním možnosti „ 🧩 Select a decision tree“.

Vzhledem k tomu, že existuje několik decision trees pro odhad toxicity, musíme najít každý zvlášť. V našem případě budeme testovat na genotoxicitu a kancerogenitu s příslušným „stromem“ tak, jak je ukázáno níže:

Po výběru jsme přesměrováni na hlavní okno, kde klikneme na Estimate. Pokud se otevře další okno, není třeba do něj nic zadávat, stačí stisknout confirm/OK. Po dokončení nám zvýrazněné výsledky ukážou odhadovanou kategorii látky. Pokud jde o náš dibutyl-ftalát, algoritmus se rozhodl upozornit na negenotoxickou karcinogenitu.

Dokázali jsme to!

Zjistili jsme genotoxický potenciál látky.

Nyní vám doporučujeme, abyste to zkusili s různými přísadami, které najdete uvedené na kosmetických přípravcích, které u sebe doma najdete.

Také můžete zkusit změnit nastavení na různé decision trees a hledat další, potenciálně toxické vlastnosti věcí, které každý den používáte.