Kaj se tu dogaja?

V tem blogu vam bomo prikazali primer, kako oceniti ftalat (ali katero koli drugo snov, o kateri želite izvedeti več!) z uporabo orodja Toxtree, tako da lahko to preizkusite tudi sami. Vse, kar potrebujete, je osebni ali prenosni računalnik in želja po tem, da se naučite nekaj novega!

Za več informacij o ftalatih si oglejte članek na blogu o ftalatih v kozmetiki.

Za več informacij o orodju Toxtree in QSAR si oglejte članek na blogu o QSAR in poglavje 3 knjige G.

Korak 1: Nastavitev

Pred začetkom je treba najprej prenesti programsko opremo, ki jo bomo uporabljali. v brskalniku poiščite Toxtree (ali uporabite to povezavo, da bo to hitreje) in prenesite najnovejšo različico. Če uporabljate operacijski sistem Windows, lahko prenesete namestitveni program za windows, če uporabljate operacijski sistem Linux ali IOS, prenesite arhiv ZIP in v obeh primerih sledite ustreznim navodilom za namestitev.

Da je namestitev uspešna, boste vedeli, ko boste odprli aplikacijo in se vam bo prikazalo naslednje okno:

Korak 2: Koda SMILES

Sedaj, ko je nameščena programska oprema lahko poiščemo kodo SMILES kemikalije, ki jo želimo ovrednotiti.

SMILES pomeni “Simplified Molecular Input Line Entry System” in je način zapisa molekulske formule spojine.

V našem primeru bomo poiskali kodo SMILES za dibutil ftalat (DBP). Začnemo tako, da se odpravimo na spletno mesto PubChem in vnesemo ime naše spojine, v tem primeru Dibutil ftalat, pritisnemo enter in izberemo ustrezen rezultat iskanja (uporabljati moramo angleška imena, ki jih lahko poiščete na spletu).

Prikaže se celoten opis spojine, ob strani pa v meniju CONTENTS poiščemo izraz “Canonical SMILES”, kot je prikazano na spodnji sliki, in kopiramo niz črk:

Korak 3: Čas za analizo

Najprej v zgornje vnosno polje vnesemo kodo SMILES in pritisnemo GO!

To bo spremenilo snov, ki si jo ogledujemo, in tudi izpisalo ustrezno 2D molekularno strukturo.

Pomembno je poudariti, da moramo pred oceno toksičnosti izbrati ustrezno drevo odločanja. Odločitvena drevesa so niz pravil in algoritmov, ki glede na znane raziskave aktivnih skupin določajo, ali je snov strupena ali ne. Do različnih odločitvenih dreves lahko dostopamo tako, da kliknemo na ikono “Method” v zgornji vrstici in izberemo možnost “Select a decision tree”.

Ker obstaja več odločitvenih dreves za napovedovanje toksičnosti, moramo poiskati vsako posebej. V našem primeru bomo testirali genotoksičnost in rakotvornost z ustreznim drevesom, kot je prikazano spodaj:

Po izbiri smo preusmerjeni v glavno okno, kjer kliknemo Estimate. Če se odpre drugo okno, ni treba ničesar vnašati, pritisnite potrditev/OK. Po končanem delu je v označenih rezultatih določena ocenjena kategorija snovi. Za naš dibutil ftalat se je algoritem odločil, da prikaže opozorilo za ne-genotoksično rakotvornost.

Uspelo nam je!

Ugotovili smo genotoksičnost dibutil ftalata.

Zdaj vas spodbujamo, da to poskusite storiti z različnimi sestavinami, ki jih najdete na kozmetičnih izdelkih, ki ležijo po vašem domu.

Prav tako lahko preidete na druga drevesa naborov pravil in iščete druge potencialno strupene lastnosti vsakdanjih predmetov.